學校創(chuàng)辦于1934年，時名湖南國醫(yī)?？茖W校，1960年改辦為普通高等本科院校湖南中醫(yī)學院，1990年原湖南科技大學成建制并入湖南中醫(yī)學院，2002年湖南省中醫(yī)藥研究院與湖南中醫(yī)學院合并，2006年經(jīng)教育部批準更名為湖南中醫(yī)藥大學。2012年學校進入一本招生序列。目前學校與湖南省中醫(yī)藥研究院實行校院合一的管理體制。